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Instalar paquetes de Conda​

danger

Debido a un bloqueo a nivel institucional por parte de Anaconda hacia el BSC, causado por un cambio de políticas de servicio, actualmente no es posible crear, actualizar o modificar entornos de conda usando el canal defaults. Esto no afecta al resto de canales, como bioconda o conda-forge, que contienen la mayoría de paquetes usados. Más abajo se muestra un método para solventar este problema. Para más información, contacta con support@bsc.es.

Requisitos para instalar paquetes​

Requisitos para instalar paquetes en red (debe tener acceso a Internet)​

  • Conectarse a un login4 en MareNostrum5:

    mylaptop$> ssh {username}@glogin4.bsc.es
    mylaptop$> ssh {username}@alogin4.bsc.es
    IMPORTANTE

    Los login4 de MareNostrum5 están restringidos al personal del BSC y sólo son accesibles desde la red interna del BSC o la Red Privada Virtual (VPN).

  • Comprobar la conectividad a Internet desde glogin4/alogin4:

    $> wget --tries=3 --timeout=5 -q --spider google.com && echo "Networked" || echo "Non-networked"
    Networked

Comprobar el gestor de paquetes​

conda es un gestor de paquetes que lo ayuda a instalar paquetes bajo Anaconda o Miniconda (miniversión de Anaconda que incluye solo conda, sus dependencias y Python)

  • Cargar Anaconda/Miniconda en la sesión, por ejemplo:

    $> module load miniconda3

  • Asegúrese de que puede ejecutar conda desde la línea de comandos:

    $> which conda
    /apps/MINICONDA3/py39_4.10.3/bin/conda
    $> conda --version
    conda 4.10.3

Eliminar defaults de la lista de canales de Anaconda:​

  • Este paso debe realizarse una vez cargado un módulo de conda, y evitará que los comandos terminen en timeout:

    $> conda config --remove channels defaults

  • Opcionalmente, se pueden añadir otros canales, para evitar que conda intente consultar defaults al no encontrar un canal especificado.

    $> conda config --add channels conda-forge
    $> conda config --add channels bioconda

Instalar y gestionar paquetes​

Instalar paquetes desde Anaconda.org​

  • Instalar un paquete:

    $> conda install SomePackage                    # Última versión
    $> conda install SomePackage=0.15.0             # Versión específica
    $> conda install SomePackage py38_env           # Versión específica de Python
    $> conda install SomePackage=0.15.0 py38_env

    O:

    $> conda install -c SomeChannel SomePackage     # Desde un canal específico en Anaconda.org
    $> conda install --name myenv SomePackage       # Dentro de un entorno existente "myenv" (también -n)

  • Instalar varios paquetes a la vez:

    $> conda install A B C D

Actualizar paquetes​

  • Actualizar un paquete:

    $> conda update SomePackage

Eliminar paquetes​

  • Eliminar uno o varios paquetes:

    $> conda remove SomePackage
    $> conda remove -n myenv SomePackage
    $> conda remove A B C D

Comprobar paquetes instalados​

  • Ver la lista de paquetes instalados

    $> conda list
    $> conda list -n myenv      # Para un entorno existente "myenv"

Instalar paquetes no conda​

Python/Pip​

Tanto pip como python están incluidos en Anaconda/Miniconda para que pueda instalar paquetes igual que en:

https://www.bsc.es/supportkc/docs/MareNostrum4/Installing%20packages/Python/castellano#instalar-y-gestionar-paquetes

IMPORTANTE

Los paquetes pip no tienen todas las características de los paquetes conda, por lo que se recomienda primero intentar instalar cualquier paquete con conda.

R​

R también está incluido en la mayoría de los gestores de paquetes de Conda, por lo que puedes instalar la versión que desees e instalar cualquier paquete allí. Puedes encontrar más información en el siguiente enlace.

Una vez que tengas R en funcionamiento, puedes usar conda para instalar paquetes o instalarlos desde R, como se describe aquí.

Trabajar con entornos​

Crear entornos​

  • Crear un entorno (en la ubicación por defecto, puede que no tenga suficientes permisos):

    $> conda create --name myenv
    $> conda create -n myenv

  • Crear un entorno en una ubicación personalizada:

    $> conda create --prefix /path/to/my/project/myenv
    $> conda create -p /path/to/my/project/myenv

  • Crear un entorno con una versión específica de Python y múltiples paquetes:

    $> conda create -n myenv python=3.9 A=0.15.0 B=0.21 C D

  • Crear un entorno desde un fichero environment.yml:

    $> conda env create -f environment.yml

Activar/desactivar entornos​

  • Activar un entorno:

    $> conda activate myenv                         # Por nombre
    $> conda activate /path/to/my/project/myenv     # Por prefijo

    O:

    $> source activate myenv
    $> source activate /path/to/my/project/myenv

  • Desactivar un entorno:

    $> conda deactivate

Comprobar entornos existentes​

  • Ver la lista de los entornos existentes:

    $> conda env list

    O:

    $> conda info --envs

Eliminar entornos​

  • Eliminar un entorno:

    $> conda remove -n myenv --all
    $> conda remove -p /path/to/my/project/myenv --all

    O:

    $> conda env remove -n myenv
    $> conda env remove -p /path/to/my/project/myenv